La vegetación es típicamente mediterránea y está condicionada, como todos los paisajes vegetales, por diversos factores, de entre los que destaca el factor climático. El clima es el responsable más directo de la distribución, a grandes rasgos, de la vegetación. Otro factor igualmente importante es el suelo, del que cabe considerar seis características físicas y sobretodo su composición química, el grado de acidez y agua que contiene.
La vegetación de Menorca, en el contexto de un clima de tendencia árida en el que el verano es seco y caliente, y el invierno templado y más o menos húmedo, se caracteriza por la existencia de una flora con predominio de árboles y arbustos de hoja perenne, pequeña y coriácea. Las plantas, con el propósito de adaptarse al ambiente seco, han adoptado estrategias diversas, como la reducción de la hoja o su transformación en espinas.
La vegetación potencial dominante en las zonas húmedas es el bosque de encinas. Es un bosque espeso en el que la encina forma un estrato arbóreo, compacto y a la sombra. El bosque bajo conserva siempre un elevado grado de humedad que contribuye al crecimiento de variedad de plantas y arbustos (arbocera,bruc, llampúdol bord, aladem, ciclàmen baleàric, entre otros).
El bosque de encina en las islas ha sido degradado por la continua explotación de sus recursos, extracción de madera y depredación de los rebaños que se alimentan de tubérculos y plantas más tiernas. El resultado es un encinar envejecido con un bosque bajo gravemente deteriorado.
En las zonas más secas predominan diferentes tipos de "garrigues" (ullastre y garballó), que se han extendido a causa de la degradación de los encinares. La "garriga del xiprell" y "romaní", en los terrenos más secos, que crece también en Formentera y Cabrera, y que a menudo aparece asociada al bosque de pino blanco.
Cerca de la costa y en las cimas calcáreas crece una vegetación típica en "coixinets" espinosos y otras especies endémicas adaptadas a condiciones extremas.
En las dunas litorales existe una vegetación herbácea adaptada a la arena. Los bosquecillos de "sabines" ocupaban buena parte del litoral sur, aunque actualmente buena parte sufre el deterioro causado por el turismo masivo.
La vegetación de las zonas húmedas, albuferas y salinas presenta una población de comunidades vegetales que depende del grado de humedad y salinidad del agua. Destacan el "canyís", en suelos frecuentemente inundados, y las "jonqueres", en suelos húmedos pero no inundados.
El medio natural de las Baleares ha sufrido, en las últimas décadas, un proceso continuado de degradación que pone en peligro la supervivencia de numerosas comunidades vegetales y especies endémicas. El desarrollo turístico y la urbanización masiva e indiscriminada, la presión demográfica, el vertido de aguas residuales, el aumento de residuos sólidos, los incendios forestales, la explotación del territorio, etc. han acelerado la destrucción de importantes espacios naturales únicos de difícil recuperación. Determinados colectivos, conscientes de la problemática, han adoptado medidas de presión para evitar en lo posible esta destrucción masiva.
La aprobación en 1991 de la Ley de Espacios Naturales por el Parlamento de las Islas Baleares supone un avance importante, pero no decisivo en la protección del territorio y de los recursos naturales, ambientales y de todo el ecosistema de las islas.